Nhật Bản nhập cuộc

Năm 1941 Quân đội Đế quốc Nhật Bản thời Chiến tranh thế giới thứ hai tiếp thu Đông Dương với sự thỏa thuận của chính phủ Vichy theo thỏa ước giữa đại sứ Pháp Charles Arsènes-Henry ở Tokyo và ngoại trưởng Yōsuke Matsuoka ký hồi 30 Tháng Tám, 1940.[115][116] Theo đó thì Nhật Bản được rộng quyền điều hành quân sự trên toàn cõi Đông Dương chống lại phe Đồng Minh nhưng người Pháp vẫn duy trì bộ máy cai trị của nhà nước Bảo hộ và Nhật công nhận chủ quyền của Pháp.

Tranh chấp với Xiêm

Trong khi đó thì triều đình Xiêm La của Thủ tướng Plaek Pibulsongkram nhân khi thấy quyền lực của Pháp ở Đông Dương bị suy yếu nên tìm cách đòi lại lãnh thổ cũ ở Lào và Cao Miên bị Pháp chiếm đoạt vào năm 1907. Thất bại về mặt ngoại giao, Xiêm điều quân đến gần biên giới rồi mở cuộc tấn công và chiếm toàn phần đất Lào ở hữu ngạn sông Mê Kông vào ngày 19 Tháng Giêng, 1941. Không quân Xiêm thì mở cuộc oanh kích nhiều địa điểm ở tỉnh Battambang và tiến chiếm được tỉnh lỵ. Về mặt bể thì hải quân Pháp và hải quân Xiêm nổ súng ở khu vực đảo Chang. Ba chiến thuyền của Xiêm bị đánh chìm nhưng vì áp lực của Đế quốc Nhật Bản, chính phủ Đông Dương của toàn quyền Jean Decoux phải giảng hòa rồi nhượng lại cho Xiêm những tỉnh Battambang, Sisophon và Siemreap của Cao Miên ngày 11 Tháng Ba, 1941, chấm dứt cuộc xung đột vũ trang giữa Xiêm và Đông Pháp.[117]

Nhật đảo chính Pháp

Thỏa hiệp giữa Pháp và Nhật kéo dài bốn năm cho đến ngày 9 tháng 3 năm 1945 thì Nhật Bản đột ngột tuyên bố trao quyền cho các chính quyền bản xứ và ra lệnh tống giam nhiều viên chức Pháp. Kiều dân Pháp bị hạn chế đi lại và phải tập trung ở bảy thị trấn, không được di chuyển ra nơi khác.[118] Ngày 11 Tháng Ba, đại sứ Yokoyama Masayuki vào Đại Nội Huế yết kiến vua Bảo Đại và chứng kiến lời tuyên cáo độc lập của Đế quốc Việt Nam.[119] Ngày 13 Tháng Ba, vua Cao Miên Norodom Sihanouk cũng theo gương Bảo Đại rồi đến ngày 8 Tháng Tư thì quốc vương Lào Sisavang Vong cũng tuyên bố độc lập.[120] Ngày 17 Tháng Tư thì Thủ tướng Trần Trọng Kim trình diện với danh sách nội các để chấp chính nhưng đến Tháng Tám năm 1945 khi Nhật tuyên bố đầu hàng phe Đồng Minh thì Pháp xúc tiến việc tái chiếm Đông Dương đang do Việt Nam Dân chủ Cộng hòa kiểm soát và lập lại Liên bang Đông Dương.

Ngay từ Tháng Chạp năm 1943 Charles De Gaulle, người lãnh đạo lực lượng Pháp bấy giờ lưu vong ở Algiers đã tuyên bố ý định tái lập chủ quyền của Pháp trên các xứ Đông Dương. Lực lượng Việt Minh dã tiến hành đảo chính Phát-xit Nhật ngày 19/08/1945. Sau đó, chính quyền phát-xít tuyên bố trao toàn bộ quyền kiểm soát tại Việt Nam cho Việt Minh. Tại Nam Bộ, Nam Bộ kháng chiến kháng chiến nổ ra khi Việt Minh, trước đó đã thay Nhật kiểm soát khu vực này, đã cương quyết chống trả lại hành vi tái xâm lược của Pháp. Tới ngày 19/12/1946, sau những hành động khiêu khích của Pháp, Hồ Chí Minh ra Lời kêu gọi toàn quốc kháng chiến, chính thức bắt đầu giai đoạn 9 năm kháng chiến chống lại sự tái xâm lược của Pháp tại Đông Dương.

Trong thời gian chín năm cuối, người Pháp có thay đổi cơ chế hành chánh: bỏ chức vụ "Toàn quyền" và thay bằng "Cao ủy" rồi "Tổng ủy"; thống đốc Nam Kỳ, khâm sứ Trung Kỳ hay thống sứ Bắc Kỳ thì thay bằng "Ủy viên cộng hòa". Tuy nhiên, Đông Dương vẫn là một phần của Liên hiệp Pháp. Ngoài ra chính phủ Pháp cũng hứa hẹn cải tổ bằng cách phát triển giáo dục và hướng tới dân chủ tự trị trong khuôn khổ Liên hiệp Pháp.